出口：
1、新舱单模式下，出口流程变化较大。旧模式下，有运抵报告即可报关，报关单申报、放行与舱单没有关联，出口清洁舱单只是报关单结关的依据。新模式下，出口必须先向海关传输出口预配舱单，预配舱单传输完毕后，货物运抵监管场所后，码头需要向海关传输运抵报告，运抵报告与预配舱单核碰正常后，报关单才能申报。此时报关单会核碰预配舱单并校验船名/航次/提单号/集装箱号/件数/毛重等数据项，比对不符将会退单，比对相符的，报关单可以放行。报关单放行后，若船名/航次无变化，货物可以正常装船走，由船代向海关传输装载舱单，装载舱单将与已核注核销的预配舱单信息进行比对，比对不符的装载舱单将会退单，比对相符的，海关同意装载。最后进入出口理货环节，装载正常的单，小船需要在走船前，由码头向海关传输货物理货报告，对理货报告异常的，海关将不允许装船；大船允许在出境运输工具驶离装货港的6小时以内发，理货正常的，货物方予办理结关手续。
2、运抵报告。
(1)运抵报告的船名/航次必须与预配舱单中一致，这些船名航次将成为报关申报的船名/航次，否则运抵报告与预配舱单中的船名/航次不一致无法申报；
(2)运抵报告不可修改，必须删除；如需变更运抵报告内容的，由监管场所经营人发送运抵报告删除申请，系统自动审核通过后，再重新发送新的运抵报告。集装箱货物必须以箱为单位，非集装箱货物以提单为单位发送。运抵报告不得重复提交。
(3)采取边运抵边装船的，经海关船边实际验核后，即视为货物运抵，运抵报告传输后，货物物品应当在3日内装载完毕。与预配舱单校验，运抵正常的，海关方予办理查验、放行手续，无运抵标示不能进行货物申报。
(4)预配舱单和运抵报告确认发送后企业进行申报放行，A类以上企业可以先行申报不需要等待运抵报告；
3、装载舱单。
(1)报关单放行后，由船代向海关传输装载舱单，出现以下四种情况海关装载舱单审核不通过：1/没有运抵报告，2/报关单未放行，3集装箱号/件数/重量关键内容不符，4/不在规定时限内传输。
(2)装载舱单比对预配舱单：以“船名”、“航次”、“主提运单号”+“分运单号”为索引，比对“集装箱号、件数、重量。装载舱单与预配舱单比对一致的，海关将同意装载，发送同意装载报文给回企业。
(3)装载舱单不可修改只能删除。
4、理货报告。
(1)来往港澳小型船舶，理货部门在船舶起航前发。
(2)出口通关舱单与理货报告比对，集装箱货物比对“船名”、“航次”、“提运单号”、“集装箱号”。非集装箱货物比对“船名”、“航次”、“主提运单号”、“件数”、“重量”。
5、准装通知单。报关单正常放行的，需要按原流程打印装船单；装船单必须与来办理清关的纸质舱单/小船系统/新舱单系统一一对应
三、落改配（落货/落货改配/直接改配）
1、出口直接改配。（1）出口货物若船名/航次有变化，可以申请直接改船，船代通过电子口岸平台发送直接改配报文，该申请海关舱单系统自动审核通过，不需要等待人工审核；直接改配支持多次改配，企业可以改到最终的装船为止；改船后再发送装载舱单。（2）舱单管理系统审核直接改配申请时主要要求： ① 申请出口直接改配的提单需存在对应的预配舱单且是已放行状态； ② 申请出口直接改配的提单对应的预配舱单不得理货； ③ 存在拼箱关系的提单，必须同时申报出口直接改配申请； ④ 改装后的运输工具在舱单管理系统中已经有其他的预配舱单申报入库； ⑤ 申请出口直接改配的提单与改装后的运输工具上的预配舱单不得产生拼箱关系； ⑥ 以提单为单位申请直接改配； ⑦ 直接改配申请必须由原舱单传输人发送。
2、出口落货与出口落货改配（1）如果船名/航次有变化，但现在还无法确定，可以向海关发送落货申请报文，待确认船名/航次后再报送落货改配报文；落货改配后再发送装载舱单；（2）落货和落货改配需要转人工审核；（3）出口落货改配仅可修改“运输工具名称”、“航次”“提单号”“集装箱号”电子数据项；（4）舱单管理系统审核出口落货申请时主要要求： ① 申请出口落货的提单存在对应的预配舱单； ② 申请出口落货的提单对应的预配舱单未理货； ③ 必须以提单为单位申请出口落货； ④ 申请出口落货的提单必须正常运抵； ⑤ 申请出口落货的提单必须已核注；（5）舱单管理系统审核出口落货改配申请时主要要求：
① 申请出口落货改配的提单对应的预配舱单必须已核销核尽； ② 改配后的运输工具在舱单管理系统中已有其他的预配舱单申报入库；
3、对于拼柜货物，①一般情况下，如有部分报关单尚未放行――以提单为单位办理落货手续，放行后再申请改配； 对于报关单已放行，因装载等原因需落货的，海关审核同意后，以提单为单位办理落货改配手续。②若一个柜中有十份单，九份已放行一份未放行，为免影响已放行的货物装原柜出口（未放行的那份单无法装原柜出口），可以以整船（就是十份单）一起发送装载舱单，九份已放行的舱单可以正常生成装载舱单，未放行的无法生成装载，此时再进行落货，放行后再申请后续落货改配操作；4、落货/落货改配/直接改配，都需要在小船系统中进行简单改配操作；大宗散货和集装箱可以直接改配，散货不支持落货和落货改配。
四、舱单修改。
1、对于已经走到最后的理货报告成功界面，出口舱单需要修改的，需要按以下步骤操作：
1/先删除理货；
2/删除装载舱单；
3/联系通关部门对舱单和报关单脱钩；
4/删除运抵报告；
5/修改预配舱单；
6/补传运抵报告；
7/报关单重审重新挂钩；
8/传输装载舱单；
9/发送理货报告；
2、对于预配舱单已核注未核销的需要改单，需要按以下流程:
1/联系通关部门对舱单和报关单脱钩；
2/删除运抵报告；
3/修改预配舱单；
4/补传运抵报告；
5/报关单重审重新挂钩；
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